جنتیسین دی سولفات یک آنتی بیوتیک بسیار موثر در برابر باکتری های گرم منفی است. با این حال کاربرد درمانی برای عفونت های ناشی از این باکتری ها ندارد زیرا سمیت شدیدی برای کلیه ایجاد می کند. این آنتی بیوتیک و ژن های مقاومت به آن اما در مطالعات همسانه سازی ژن کاربرد دارند. از آنتی بیوتیک جنتیسین دی سولفات برای گزینش رده های سلولی ترنس ژن شامل مخمرهای P. pastoris و S. serevisiae و برخی دیگر از رده های سلولی یوکاریوت و همچنین سلول های گیاهی و باکتریایی استفاده می شود.